Les environnementalistes craignent que les projets de dessalement de l’eau de mer puissent avoir des impacts négatifs sur les pêcheries locales et les écosystèmes marins. Les usines de dessalement d'eau de mer peuvent inhaler la vie marine, en particulier les larves de poissons, causant ainsi des dommages aux ressources halieutiques. De plus, des eaux usées et de l'eau salée peuvent être rejetées lors du processus de dessalement de l'eau de mer, provoquant une pollution et une perturbation de l'écosystème marin.

Cet article analyse la structure des coûts du processus de dessalement, y compris la technologie, l'énergie, l'échelle et d'autres aspects. Bien que les coûts actuels soient relativement élevés, les progrès en matière d'innovation technologique, d'économies d'échelle et de gestion de la maintenance réduiront progressivement les coûts.